Zwart panter Jaquar op groen Sleutelhanger

Een aandoening die bekend staat als melanisme komt voor bij de soort. De melanistische vorm komt minder vaak voor dan de gevlekte vorm — zes procent is gemeld voor het Zuid-Amerikaanse bereik — en is het resultaat van een overheersend allel. Jaguars met melanisme lijken volledig zwart, hoewel hun vlekken nog steeds op de voet zichtbaar zijn. Melanistische Jaguars zijn informeel bekend als zwarte panthers, maar vormen geen aparte soort. Zeldzame albino-individuen, soms witte panthers genoemd, komen voor onder jaguars, net als bij de andere grote katten. De jaguar lijkt sterk op de luipaard, maar is steviger en zwaarder. De twee dieren kunnen onderscheiden worden door hun rosettes: de rosettes op de jaguar-jas zijn groter, kleiner in aantal, meestal donkerder, en hebben dikkere lijnen en kleine vlekken in het midden die de luipaard mist. Jaguars hebben ook onderkoppen en kortere, meer kousenledematen dan luipaarden.